市直部门和市直单位有很大区别。市直部门是指市委和市政府所直属的机关部门，一般来讲市直部门都是机关单位，具有一定的职能权利，通俗地说，就是代表市委市政府指定大政方针和督办市委市政府大政方针落实情况的，经费有财政拨付。

市直单位则是隶属于市委市政府的事业单位或国有企业，是指事业单位经费由财政拨付，但是他没有职能权利，只是负责不盈利的工作市直企业则是由市国资委出资设立的国有企业，他只有生产经营的权利，只有启动建设资金由国资委以股份的形式出资，其他费用均由企业自身通过生产经营手段盈利获取。