高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。

测序法已经成为一种常规的实验技术，不过最近新一代测序技术的显著优势，比如大规模平行信号(MPSS， Brenner et al.2000)和焦磷酸测序法(也称454测序 Margulies et al.2005， Langaee and ronaghi2005)已经使测序技术发生了彻底的变革，它们可以同时对数百万个短序列读长进行测序。