1、流程上的区别

”财政直接支付“直接上报财政局国库支付中心。

“财政授权支付”需要先向财政部申请财政授权支付用款额度。

2、指令签发方的区别

”财政直接支付“由财政部门向中国人民银行和代理银行签发支付指令。

“财政授权支付”由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令。

3、支出内容的区别

财政直接支付的支出包括：工资支出、购买支出以及转移支付等。

财政授权支付的支出包括：未实行财政直接支付的购买支出和零星支出等。