巫山县不属于万州区，巫山县和万州区是平级的行政区划，都属于重庆市。巫山县位于重庆市东部，处三峡库区腹心，素有渝东北门户之称。万州区位于长江上游地区、重庆东北部，处三峡库区腹心，属长江上游区域中心城市。

重庆市辖40个行政区县（自治县、市），有15个区（万州区、涪陵区、渝中区、大渡口区、江北区、沙坪坝区、九龙坡区、南岸区、北碚区、万盛区、双桥区、渝北区、巴南区、黔江区、长寿区）；4个县级市（江津市、合川市、永川市、南川市）；21个县（自治县）（綦江县、潼南县、铜梁县、大足县、荣昌县、璧山县、梁平县、城口县、丰都县、垫江县、武隆县、忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县、酉阳土家族苗族自治县、彭水苗族土家族自治县）。