青尼罗河径流量季节变化大，夏季径流量最大，白尼罗河径流量季节变化小。

因为青尼罗河位于热带草原气候区和高山高原气候区，夏季有大量的雨水和冰雪融水补给。白尼罗河河段都位于热带草原气候区，但有一部分位于南半球，使冬季河水也有较大的补给，所以全年变化小。

尼罗河上源卡格腊河发源于东非高原布隆迪高地，经维多利亚湖向北流出后，在苏丹和乌干达接壤处的尼穆莱以下称白尼罗河。尼穆莱以上为上游，继续北流至苏丹喀土穆汇合青尼罗河，形成尼罗河主流，喀土穆以下为下游北流入地中海。